农村合作医疗（简称“新农合”）的管理部门如下：

1. 人力资源和社会保障局 ：新农合归人力资源和社会保障局管理，具体由“医保局”或“医保科”管辖，有些省份也设有专门的新农合科。

2. 县新农合管理部门 ：新农合一般由县新农合管理部门管理，这些部门是市卫生局的二级机构，有的地方也称为合管局。

3. 社保局 ：在一些地区，新农合可能统一归社保局管理，尤其是在实现二保或三保合一的地区。

农村合作医疗主要归 人力资源和社会保障局 或 社保局 管理，具体管理科室或机构可能因地区而异。建议咨询当地社保局或相关部门以获取更准确的信息。