西京医院在多个学科领域具有显著优势和较高的声誉。根据复旦版《2023年度中国医院专科声誉排行榜》，以下科室位列前十名或获得提名：
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皮肤科 ：连续多年位列榜单前十名，并且是国家重点学科和国家临床重点专科。
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麻醉科 ：位列榜单前十名，并在多个区域专科排名中位居第一。
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核医学 ：位列榜单前十名。
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整形外科 ：位列榜单第六名，是国内最早、规模最大的整形外科之一，也是国家临床重点专科。
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消化病 ：位列榜单前十名，并且是国家消化系统疾病临床医学研究中心。
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烧伤科 ：位列榜单前十名。
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心外科 ：位列榜单前十名。
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病理科 ：位列榜单前十名，并在多个区域专科排名中位居第一。
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临床药学 ：位列榜单前十名。
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风湿病 ：位列榜单第十名。
此外，西京医院的 超声医学 、 康复医学 、 普通外科 、 神经内科 、 耳鼻喉科 、 放射科 、 风湿免疫科 、 药剂科 等科室也都是重点学科，具备丰富的临床诊治经验。
综合考虑，西京医院最厉害的科室包括皮肤科、麻醉科、核医学、整形外科、消化病、烧伤科、心外科、病理科、临床药学和风湿病。这些科室在复旦版排行榜中均表现出色，且多个学科在区域专科排名中位居第一，显示出其在相关领域的领先地位和卓越的医疗水平。