云南省内治疗格子状角膜营养不良的医院推荐如下：
一、综合医院推荐
保山市人民医院
三级乙等综合医院，设备先进，技术力量雄厚，集医疗、教学、科研于一体，眼科诊疗经验丰富。
普洱市人民医院
三级甲等综合医院，下设眼科等科室，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备，口碑良好。
二、特色医院推荐
玉溪市中医医院
中医专科为主，拥有国家级和省级重点中医专科（如骨伤科、肛肠科等），在眼科疾病的中医诊疗方面有一定优势。
建议 ：
格子状角膜营养不良属于眼科疾病，建议优先选择综合医院的眼科科室（如保山市人民医院、普洱市人民医院）进行诊疗。
若需中医特色治疗，可考虑玉溪市中医医院，但需提前确认其眼科相关科室的诊疗能力。