根据权威信息源，云南昆明治疗结膜结核病的医院排名如下：
一、综合排名前三的医院
昆明医科大学第一附属医院
优势 ：三级甲等综合医院，国家级重点专科5个，省级临床重点专科24个，医疗资源丰富，与全省233家医院建立战略联盟。
地址 ：昆明市（具体院区未明确）。
昆明市第一人民医院
优势 ：三级甲等综合医院，开放床位2400张，设有63个临床科室，承担疑难危重疾病救治。
地址 ：昆明市（具体院区未明确）。
昆明市第三人民医院社区卫生服务中心
优势 ：社区卫生服务中心，结核病科设施齐全，经验丰富，为基层定点医疗机构。
二、其他推荐医院
昆明市第四人民医院（昆钢医院） ：昆明市结核病定点医院之一，综合医疗能力较强。
解放军昆明总医院 ：西山区结膜病专科医院，擅长结膜相关疾病诊疗。
三、选择建议
优先考虑三级甲等综合医院 （如昆明医科大学第一附属医院、昆明市第一人民医院），医疗资源更全面。
基层医疗机构 （如昆明市第三人民医院社区卫生服务中心）适合常规诊疗及慢性病管理。
专科医院 （如解放军昆明总医院）可针对结膜病专科需求选择。