普济消毒饮的配伍禁忌主要包括与温热类药物、滋补类药物及部分西药的相互作用，以及特定体质禁忌。常见禁忌涉及温热药、补益药、肝毒性药物、寒凉叠加及脾胃虚弱者慎用。
- 温热类药物（如附子、干姜）：普济消毒饮以黄芩、黄连等苦寒药为主，若与附子、肉桂等大热之品同用，可能因寒热冲突导致胃肠刺激（如腹痛、腹泻），甚至降低方剂清热解毒功效。
- 滋补类药物（如人参、黄芪）：该方侧重祛邪，若与补益药联用，可能壅滞气机，加重热毒郁结，出现口苦、咽痛反复等症状。需先清后补或遵医嘱调整配伍比例。
- 肝毒性西药（如对乙酰氨基酚）：方中连翘、板蓝根等成分可能增加肝脏代谢负担，与部分抗生素、解热镇痛药同用时需监测肝功能，避免药物性肝损伤风险。
- 寒凉叠加禁忌：脾胃虚寒者单用本方易引发胃痛、便溏，若联合其他寒凉中成药（如双黄连口服液），可能加重虚寒症状，需配伍温中健脾药调和。
服用普济消毒饮期间，应避免辛辣、油腻饮食，防止助热生湿。体质偏寒、孕妇、儿童及慢性肝病患者需在中医师指导下调整剂量或配伍。若出现皮疹、恶心或肝功能异常等不良反应，应立即停药并就医。需注意本方适用于实热火毒证（如痄腮、丹毒），虚火上炎或湿热证需辨证加减，避免误用加重病情。