药店申请医保定点变更的流程通常包括以下几个关键步骤：

1. 准备申请材料：药店需要准备并提交相关的申请材料，包括营业执照、药品经营许可证、医疗机构执业许可证等证明文件，以及药店的医保管理制度、医保药品目录等。

2. 提交申请：将准备好的申请材料提交至当地医疗保险经办机构。提交方式可以是现场提交、邮寄提交或在线提交，具体方式需根据当地医保政策而定。

3. 审核评估：医疗保险经办机构会对药店提交的申请材料进行审核，并可能组织现场评估，以核实药店的资质、医保管理能力以及药品供应情况等。

4. 协商谈判：通过审核评估后，医保经办机构会与药店进行医保服务协议的协商谈判，包括医保支付方式、药品价格、服务质量要求等内容。

5. 签订协议：双方就协议内容达成一致后，药店与医保经办机构签订医保服务协议，正式成为医保定点药店。

6. 系统对接：药店需要与医保信息系统进行对接，包括安装医保刷卡设备、培训员工使用医保系统等，以确保医保结算的顺利进行。

7. 公示公告：医保经办机构会对新增的医保定点药店进行公示公告，告知参保人员新的定点药店信息。

总结：药店申请医保定点变更需要经过准备申请材料、提交申请、审核评估、协商谈判、签订协议、系统对接以及公示公告等多个环节。药店应确保申请材料的完整性和准确性，并积极配合医保经办机构的审核评估工作，以顺利完成医保定点变更流程。