农村合作医疗在跨市就医时一般可以报销，但通常仅限于住院治疗，门诊治疗一般不能报销。以下是跨市报销的条件和流程：
跨市报销条件
办理异地就医备案：在跨市就医前，需先在参保地办理异地就医备案手续。备案时需提供本人身份证、医保卡、病历本等相关材料，并填写异地就医备案表。
选择定点医疗机构：备案后，需在就医地选择已接入国家异地就医结算系统的定点医疗机构进行就医。这些定点医疗机构能够直接结算新农合的医疗费用。
跨市报销流程
办理备案手续：携带本人身份证、医保卡、病历本等材料前往参保地医保经办机构办理异地就医备案手续。
定点医院就诊：完成备案后，持医保卡到异地指定的定点医疗机构就诊。在就诊过程中，需主动表明参保身份，并出示医保电子凭证或社会保障卡等有效凭证。
费用结算：在出院时，可直接在就诊医院进行医保报销结算，个人只需支付自付部分费用，剩余部分按照异地就医报销政策审核结算。
注意事项
报销比例差异：跨市就医的报销比例可能与参保地有所不同，通常会根据就医地的医院等级和当地政策来确定。例如，在市级定点医院就医的起付线和报销比例可能与县级或省级医院不同。
资料准备：在就医前，务必了解清楚参保地的异地就医政策，准备好所有必要的资料，包括身份证、医保卡、病历本、诊断证明、出院证、住院费用清单和发票等。
咨询当地政策：由于各地政策可能存在差异，建议在就医前咨询参保地的医保部门或经办机构，了解具体的报销流程和要求。