截至2022年3月，北京中医药大学设有以下直属附属医院：
-
北京中医药大学东直门医院 （第一临床医学院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学东方医院 （第二临床医学院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学第三附属医院 （第三临床医学院，三级甲等中西医结合医院）
-
北京中医药大学枣庄医院 （第四临床医学院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学深圳医院 （第五临床医学院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学房山医院 （第六临床医学院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学孙思邈医院 （第七临床医学院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学厦门医院 （第八临床医学院，三级甲等中医医院）
此外，北京中医药大学还有以下非直属附属医院：
-
北京中医药大学附属护国寺中医医院 （三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学附属山西省中医院 （三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学附属重庆市中医院 （三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学附属中西医结合医院 （北京市中西医结合医院，三级甲等中西医结合医院）
非直属临床医学院包括：
-
北京中医药大学中日友好临床医学院 （中日友好医院，三级甲等医院）
-
北京中医药大学广安门临床医学院 （中国中医科学院广安门医院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学西苑临床医学院 （中国中医科学院西苑医院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学望京临床医学院 （中国中医科学院望京医院，三级甲等中医医院）
-
北京中医药大学北京中医临床医学院 （北京中医医院，三级甲等中医医院）
这些医院和临床医学院构成了北京中医药大学强大的教学、科研和临床基地，为学生提供了丰富的实习和实践机会。