农村合作医疗是否能报销门诊检查费用以及报销比例，取决于多个因素，以下是具体情况：

门诊报销政策

• 普通门诊报销 ：农村合作医疗通常对门诊医疗费用进行一定比例的报销。一般来说，村卫生室及村中心卫生室就诊报销比例较高，可达 60% 左右；镇卫生院就诊报销比例在 40% 左右；二级医院就诊报销比例约为 30%；三级医院就诊报销比例约为 20%。但不同地区可能会有所差异，具体比例需以当地政策为准。

• 慢性病门诊报销 ：对于一些慢性疾病，如高血压、糖尿病等，农村合作医疗也提供报销服务。部分地区对这些慢性病的门诊治疗费用不设起付线，基本医疗保险统筹基金支付比例为 70%。

• 特殊疾病门诊报销 ：部分地区将治疗周期长、对健康损害大、费用负担重的慢性病、特殊疾病门诊费用纳入基金支付范围，如恶性肿瘤门诊放化疗、尿毒症透析、器官移植术后抗排异治疗等，具体报销比例和限额以当地法规为准。

报销限制

• 起付线 ：部分地区对门诊报销设置了起付线，如某地规定一级及以下医疗机构 100 元；二级医疗机构 400 元；县级三级医疗机构 800 元；县级以上三级医疗机构 1000 元。

• 年度最高支付限额 ：门诊报销通常有年度最高支付限额，如某地规定镇级合作医疗门诊补偿年限额 5000 元，部分地区年度内累计最高支付限额为 430 元。

• 检查项目限额 ：部分农村合作医疗政策对检查项目有报销限额，如新脑电图、X 光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销 200 元。

综上所述，如果你在门诊进行的检查属于农村合作医疗的报销范围，并且满足当地的相关报销条件，那么花费的三千多元是有可能获得一定比例报销的。具体的报销金额需要根据你所在地区的农村合作医疗政策、就诊医疗机构的级别、检查项目的具体报销比例和限额等因素来确定。建议你咨询当地的农村合作医疗管理部门或定点医疗机构，了解详细的报销政策和流程。