北京大学第三医院分院和总院主要在以下几个方面存在区别：
1. 地理位置和辐射范围
总院：位于北京市海淀区花园北路49号，处于北京市中心区域，交通便利，能够辐射北京市区及周边地区的患者。
分院：如北方院区位于北京市海淀区蓝靛厂南路车道沟10号，首都国际机场院区位于北京市朝阳区岗山路9号，崇礼院区位于河北省张家口市崇礼区迎宾路东侧等，分院的地理位置相对分散，能够更好地服务于特定区域的患者，如机场院区主要服务于机场周边及来往旅客的医疗需求。
2. 科室设置和服务范围
总院：作为综合性三级甲等医院，科室设置齐全，涵盖了临床医学的各个领域，能够提供全面的医疗服务。
分院：部分分院可能会根据所在区域的需求和医院的战略规划，设置一些重点科室或特色科室。例如，崇礼院区作为北京2022冬奥会医疗保障定点医院，重点发展创伤中心等相关科室。
3. 医疗资源和专家配备
总院：通常拥有更多的医疗资源和专家团队，能够提供更全面和高水平的医疗服务。
分院：虽然也会配备专业的医疗团队，但专家数量和种类可能相对较少。不过，分院会与总院共享医疗资源，患者在分院也能享受到总院的专家会诊等服务。
4. 患者流量和就医便利性
总院：由于其知名度和综合医疗服务能力，患者流量较大，尤其是在一些热门科室，可能需要提前预约挂号。
分院：患者流量相对较少，就医环境相对宽松，患者能够更方便地获得医疗服务，减少排队等待时间。
5. 教学和科研功能
总院：承担着北京大学第三临床医学院的教学任务，同时也是国家卫生健康委委管的医院，在教学和科研方面具有重要地位。
分院：虽然也会参与一些教学和科研活动，但其主要功能还是提供医疗服务，教学和科研的规模和影响力相对较小。
