新农合住院报销通常是先自费后报销。具体流程如下：

1. 住院时：参保人员需要先自行垫付全部住院费用。

2. 出院后：携带相关材料（如住院发票、出院记录、费用清单、本人身份证等）到当地新农合管理部门或通过线上平台（如支付宝或微信的医保界面）提交报销申请。

3. 审核与报销：相关部门审核通过后，报销金额会统一送到市农保业务中心网上审核，1至2周之内报销资金即可到账。

不过，在一些定点医疗机构，新农合也实行了即时结算服务。即参保人员在出院时，医疗机构会根据新农合报销政策直接结算报销金额，个人只需支付自付部分。