截至2025年，内蒙古三甲以上的医院包括：

1. 内蒙古自治区人民医院

2. 内蒙古医科大学附属医院

3. 内蒙古自治区国际蒙医医院

4. 兴安盟人民医院

5. 鄂尔多斯市中心医院

6. 内蒙古林业总医院

7. 包头市中心医院

8. 内蒙古妇幼保健院

9. 内蒙古医科大学第二附属医院

10. 呼和浩特市第二医院

11. 内蒙古第四医院

12. 内蒙古中医院

13. 内蒙古国际蒙医医院

14. 内蒙古自治区精神卫生中心

15. 中国人民解放军联勤保障部队第九六九医院

16. 锡盟蒙医医院

17. 乌兰察布市中心医院

18. 巴彦淖尔市医院

19. 内蒙古科技大学第一附属医院（原包头医学院第一附属医院）

20. 内蒙古科技大学第三附属医院（包钢医院）

21. 内蒙古民族大学附属医院

22. 赤峰市医院

23. 通辽市医院

24. 中国人民解放军第二五三医院

这些医院在各自的地区和专业领域内都有较高的声誉和影响力。建议根据具体需求和地理位置选择合适的医院进行就诊。