五指山市有多个镇，包括通什镇、南圣镇、毛阳镇、番阳镇。

• 通什镇：是五指山市的政治、经济和文化中心，市 政府驻地。位于五指山市中南部，辖区面积大、人口多。东与南圣镇、畅好农场毗邻，南靠畅好乡，西与毛道乡接壤，北临毛阳镇。截至 2023 年末，下辖 4 个居委会和 59 个行政村，总面积达 176.25 平方公里 。原称通什市，2001 年更名为五指山市。
• 南圣镇：地处海南岛中南部五指山南麓，五指山市东南部，是五指山市的南大门。东北部和南部邻保亭县，北部与水满乡相毗邻，西部和西北部与通什镇接壤。镇政府驻地距海榆中线 6 千米，距市区 11 千米。截至 2019 年，全镇土地面积 152.8 平方千米，总人口 10445 人，下辖 6 个村委会 29 个自然村 40 个村民小组及 1 个农场。南圣系黎语音译，意为 “水源丰富”。
• 毛阳镇：位于海榆和毛九公路交汇处，面积 236.5 平方公里，是著名革命老区，曾是琼崖革命纵队司令部旧址所在地。
• 番阳镇：位于五指山市西北部，距市区 41 公里，土地总面积 123 平方公里，森林覆盖率 71%。

五指山市这几个镇在地理位置、历史文化及发展特色上各有不同，共同构成了五指山市丰富多样的城镇格局。