绝大多数自身免疫性疾病需要长期的治疗，自愈的可能性非常非常小，有少数的病人不需要用药可以长期保持疾病在稳定状态，但这种病人往往并不意味着免疫系统疾病已经彻底治愈。在特定的刺激因素的作用之下，患者的病情仍然有可能出现复发的情况。
免疫系统疾病通常会分为先天性和后天性免疫性疾病，先天性免疫疾病是由于先天原因导致的免疫系统疾病。而后天获得性的免疫性疾病，主要是说自身免疫性疾病，人体的免疫系统在通常情况下只对外来的抗原，比如细菌、病毒、真菌等等微生物来发挥作用，而在病理状态下人体的免疫系统会攻击自身的组织和器官，从而导致自身免疫性疾病的发生。
