巴氏腺囊肿一般不会自愈，常常需要药物治疗甚至手术治疗才可以治愈。
巴氏腺囊肿一般与局部感染相关，局部感染会阻塞腺管开口，导致腺体潴留，逐渐增大形成巴氏腺囊肿。巴氏腺囊肿在急性期会有感染表现，表现为局部红肿热痛，这种情况首选药物治疗。一般多选择抗生素药物治疗，可以选择头孢类抗生素、阿奇霉素、喹诺酮类抗生素联合甲硝唑等药物治疗，既抗需氧菌，也抗厌氧菌。
通过药物治疗一部分女性可以达到治愈，囊肿逐渐消退。但一部分女性药物治疗无效，就需要手术治疗，一般多选择巴氏腺囊肿切开造口术，将囊肿表面切开造出新的开口即可。
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卵巢囊肿多大就需要做手术
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