非特异性溃疡性结肠炎的发病原因到目前为止不是十分清楚。经过一百多年的研究：
第一、是饮食的因素，大部分患者的发病都跟饮食有关系，比如过食生冷，过食刺激性的食物，还有的患者过食醋，还有的患者因为奶制品，造成炎症的发作。
第二、是精神的因素，患有溃疡性结肠炎的患者，一般思虑比较重，想问题比较多。
第三、是遗传的因素。
第四、是感染因素，但是发挥什么样的作用，现在还没有特别的定论。有的患者确实是因为有急性的感染性炎症后，继发了慢性溃疡性结肠炎。但是现在没有确切地说明，病原微生物造成溃疡性结肠炎的证据。
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