胎停的原因主要包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素。
胚胎因素可以占到胎停育的一半以上，主要是胚胎和胎儿的染色体异常。
母体因素包括了母亲的全身性疾病，生殖器官的异常，例如子宫畸形和子宫的病变。内分泌的异常包括黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征以及甲状腺功能减退等。免疫功能的异常包括自身免疫功能异常和同种免疫功能异常。
父亲因素主要是精子染色体的异常。
环境因素包括接触了过多的放射线和对妊娠有影响的化学物质。
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