心内膜炎症状多表现为发热伴畏寒，可闻及心脏杂音。患者会出现全身乏力，软弱，气急等贫血症状，还会出现全身血管栓塞，血管损害的症状。全身性的感染，发热且无规律性，可呈持续性弛张热，间歇热，低热，伴有寒战和出汗，此外有进行性的贫血，全身软弱，疲劳无力，食欲不振等症状。
有些患者会出现关节痛，腰痛，肌肉痛等症状，心脏的病变常出现病理性的心脏杂音。栓塞多出现在患者患病的后期，栓塞部位不同，症状也有所不同。皮肤栓塞可见散在的小瘀点，肺栓塞可见胸痛，咳嗽，咯血等症状。
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