口腔溃疡的病因复杂，存在着明显的个体差异，包括免疫、遗传、系统性疾病、感染、环境、创伤等多种因素。相关研究发现：
口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡等都有密切的关系。
与免疫力低下和免疫缺陷也有关系。
与食物中缺少微量元素，如锌、钙、铜、铁、硒或者维生素B1、B2、B6、叶酸的摄入不足，也有一定的相关性。
与糖尿病、月经紊乱的内分泌系统疾病也有关系。
与舌尖、唇黏膜存在着微循环障碍也有关系。
与情绪紧张、情绪不稳都有明显的关系。
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