真菌性角膜炎的治疗主要是抗真菌的治疗，抗真菌的药物有好多种，譬如那他霉素、两性霉素等都可以来治疗真菌性角膜炎。真菌性角膜炎除了药物治疗之外，有时根据角膜炎的具体情况，还要进行手术的处理，清除创面，使药物更好发挥作用。
真菌性角膜炎最严重的时候可以导致角膜穿孔，可能要进行角膜的遮盖，甚至进行角膜的移植等来进行处理。所以真菌性角膜炎应该是严重的病，治疗起来也比较困难，应该由眼科大夫、专科大夫进行治疗。
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