当临床症状不是非常典型，同时影像学的检测和痰检均不能完全证实是结核杆菌的时候，这时候就要做支气管镜检。支气管镜检对于支气管内膜结核的诊断是非常有必要的，同时通过支气管镜检进行肺泡灌洗液的检测能够将肺泡灌洗液中的结核菌检出率提高很多。因此当这些情况出现的时候就应该做支气管镜检测。
还有一种情况是影像学的表现，如果表现为结核和肿瘤难以鉴别的情况，也应该进行支气管镜检，做相关的病理检测。只有病理检测的结果证实是结核的感染的时候，才能明确肺结核的诊断。
因此当肺结核的症状不典型、肺结核的痰检是阴性、影像学又与肺部肿瘤难以鉴别、与肺部其他疾病难以鉴别清楚的时候使用支气管镜检测来明确诊断。
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