甲胎蛋白是肝癌最主要的一个标志物，甲胎蛋白正常的人群可以发生肝癌。
肝癌患者中只有70%左右的患者甲胎蛋白是升高的，其中约有一半的患者甲胎蛋白显著升高，可以大于300，甚至大于1000；另有一半的患者甲胎蛋白是轻度的升高。还有30%的肝癌患者甲胎蛋白是正常的。因此不能把甲胎蛋白作为肝癌诊断的必要指标，只能作为参考指标。
甲胎蛋白升高的患者不一定都患有肝癌。出现肝脏炎症或肝脏再生时，甲胎蛋白会有轻度到中度升高，大部分通过进一步检查可以排除肝癌。
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