治疗要根据肿瘤的大小去判断，小于一个厘米的时候，现在的共识认为是不需要做治疗的，采取动态随访的策略就行了。但是也有部分的专家认为比较小的情况下可以通过内镜下的处理解决问题，因为大部分的间质瘤是位于肌层的，所以在内镜下切除的时候还要持一个谨慎的态度，因为容易引起穿孔的发生。如果间质瘤相超过两公分以上，可能就需要外科团队做腹腔镜下的手术，需要完整的去剥离，不能弄破弄碎，这样会造成种植转移。
有一些间质瘤比较大如果压迫了相关的脏器，要做手术会引起脏器不能保全，比如说特殊部位的间质瘤。有时候操作起来也是有一定难度的，比如食管、十二肠或者直肠等等部位，如果做相关的手术可能会破坏脏器的功能的情况下，比较大的间质瘤需要术前取得病理，然后根据病理的诊断明确情况，先口服药物进行新辅助的治疗，精心治疗了以后肿块缩小、间质瘤缩小了再进行手术治疗，这样就既能切除肿瘤，又能保留脏器的功能。所以间质瘤在治疗方面还是要根据大小、病理类型来选择是内镜下还是手术，术前需不需要口服药物等综合的措施。
胃的间质瘤是来源于间叶组织的肿瘤，是具有潜在恶性的一类肿瘤，根据病理类型分成低度恶性、中度恶性、高度恶性。
