间质性膀胱炎最主要的原因是膀胱黏膜的通透性增加。具体原因主要是膀胱黏膜中有一种蛋白Jag层缺失进而导致膀胱黏膜通透性增加。那么尿液里刺激性的溶质就可以轻松地通过膀胱黏膜到达膀胱的肌层，进而引起膀胱肌层的炎症。
一旦膀胱肌层发生炎症就会导致膀胱容量缩小，再者膀胱的弹性也会有一定的丧失。病人就会表现为在憋尿或者膀胱充盈时出现耻骨上区或者小腹部的剧烈疼痛。除此之外由于膀胱本身容量变小，很多病人会表现为尿频、尿急。
间质性膀胱炎和普通的细菌性膀胱炎也是不一样的，因为细菌性膀胱炎是由于细菌从尿道逆行感染到膀胱而引起的膀胱黏膜的炎症。
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