对于甲亢患者合并妊娠临床上需要给予抗甲状腺药物治疗。需要甲硫咪唑或者是丙硫氧嘧啶这一类常规的药物。因为β受体阻滞剂这类的药物可以促进宫缩，所以临床上一般不主张使用β受体阻滞剂这一类的药物。到底是选择甲硫咪唑和丙硫氧嘧啶。目前整个医疗界有不同的看法。一般来说主张妊娠早期前三个月使用丙硫氧嘧啶。妊娠中晚期选择甲硫咪唑。丙硫氧嘧啶通过胎盘的几率小一些，甲硫咪唑通过胎盘的几率大一些。
分析发现，妊娠早期使用甲硫咪唑和丙硫氧嘧啶出现不良影响，没有明显的统计学差异。又由于甲硫咪唑副作用相对的少。引起不良反应会比丙硫氧嘧啶更少。所以现在临床上也主张甲硫咪唑对孕妇进行全程的治疗。
