支原体和衣原体都是不典型病原体，曾经把支原体肺炎在搞不清楚原因的情况下叫不典型肺炎，不典型肺炎是当时的条件限制，没有办法找到其病原体，到后面拿到病原体以后，就知道是支原体或者是衣原体感染所引起来的。支原体是介于细菌和病毒之间的微生物，检测起来比一般的细菌相对来说困难一点，很多情况下没有条件去检测病原体，只能用病原体的抗体来做回顾性的诊断，但是不论是支原体或者衣原体所感染的肺炎，在社区获得性的肺炎中都占到了大概1/3的比例。
所以说在正常使用药物的时候，一定要覆盖到不典型病原体，也就是支原体和衣原体。比如现在所说的，阿奇霉素之类的大环内酯类的药物，或者是氧氟沙星或左氧氟沙星，或者是莫西沙星类的药物。要覆盖到不典型病原体，支原体和衣原体的感染所导致的肺炎，是需要用特殊的药物来控制的，比如说大环内酯类的阿奇霉素，喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星，都能覆盖到不典型病原体，在使用药物的时候要选用这些药物。
β-内酰胺类的青霉素类、先锋类、碳青霉烯类，对支原体衣原体都没有作用，所以在考虑肺炎的时候，一定要把相关的病原体考虑到，同时也要把相应的药物给覆盖到，否则的话感染是没有办法控制的。
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