跨市住院农村合作医疗报销流程可分为备案、就医结算、材料提交三个核心环节，具体如下：

一、备案流程

1. 线上备案

   通过“国家医保服务平台”APP或微信小程序，选择“异地就医备案”，填写个人信息、就医地及备案类型（如长期居住或转诊转院），提交后等待审核。

2. 线下备案

   携带身份证、社保卡到参保地医保经办机构，填写备案表并提交居住证或转诊证明，审核通过后完成备案。

二、就医结算

1. 持卡结算

   备案后，在异地定点医疗机构直接刷卡结算，医保系统自动扣除可报销费用，患者仅需支付自付部分。

2. 无卡结算

   若未携带社保卡，可先垫付费用并保留发票、病历等材料，回参保地后申请手工报销。

三、材料提交

出院后需携带以下材料到参保地合管办报销：

• 基础材料 ：身份证（或户口本）、新农合医疗证；

• 就医凭证 ：住院结算单/发票、费用清单、病历复印件；

• 备案证明 ：转诊备案手续（如线上或线下备案记录）。

四、注意事项

• 报销比例 ：异地就医报销比例通常低于本地就医，未备案情况下可能更低；

• 时效性 ：异地就医需在30日内完成报销，逾期可能影响结算；

• 法律依据 ：依据《社会保险法》第二十三条，灵活就业人员可参加新农合。

总结 ：跨市住院报销需提前备案，选择结算方式（优先持卡），并妥善保存报销材料。建议通过官方渠道办理备案，确保流程合规。