在四川甘孜，社保基数为6300元时，个人所得税的扣税情况如下：

1. 1.社保缴费计算：养老保险：个人缴费比例为8%，即6300元×8%=504元。医疗保险：个人缴费比例为2%，即6300元×2%=126元。失业保险：个人缴费比例为0.4%，即6300元×0.4%=25.2元。工伤保险和生育保险：个人不缴费。住房公积金：假设缴费比例为12%，即6300元×12%=756元。总计：504元+126元+25.2元+756元=1411.2元。
2. 2.应纳税所得额计算：应纳税所得额=社保基数-五险一金-免征额。免征额为5000元，因此应纳税所得额=6300元-1411.2元-5000元=-111.2元。由于应纳税所得额为负数，因此无需缴纳个人所得税。
3. 3.特殊情况分析：如果五险一金缴费比例或金额不同，应纳税所得额可能会有所变化。例如，如果住房公积金缴费比例提高到20%，则应纳税所得额=6300元-1411.2元-6300元×20%-5000元=-1411.2元-1260元=-2671.2元。同样，这种情况也不需要缴纳个人所得税。
4. 4.其他影响因素：专项附加扣除：如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等专项附加扣除，可以进一步减少应纳税所得额。年终奖：如果存在年终奖，其纳税方式与常规工资有所不同，可能需要单独计算。
5. 5.在四川甘孜，社保基数为6300元时，由于应纳税所得额为负数，通常情况下无需缴纳个人所得税。具体的扣税情况还需根据个人的五险一金缴费比例和专项附加扣除等因素进行详细计算。建议定期关注当地政策变化，以确保准确计算个人所得税。