灵活就业医保是否自动扣费，需根据具体情况而定。
灵活就业人员参加医疗保险的方式通常有两种：一是以个人身份参加职工医疗保险，二是参加城乡居民医疗保险。
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个人身份参加职工医疗保险：
- 自动扣费情况：若灵活就业人员选择通过银行代扣方式缴纳医保费用，那么在费用到账后，医保部门会自动进行扣费。这种方式下，费用缴纳和扣费过程是自动化的，无需个人手动操作。
- 手动缴费情况：若灵活就业人员选择其他缴费方式，如到医保经办窗口或通过线上平台自行缴费，则需要个人手动完成缴费操作，医保部门不会自动扣费。
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参加城乡居民医疗保险：
- 自动扣费情况：部分地区为方便居民缴费，会与银行合作开展批量代扣业务。如果灵活就业人员选择了这种缴费方式，那么在费用到账后，银行会自动完成扣费，并划转至医保部门。
- 手动缴费情况：同样，若灵活就业人员选择其他缴费方式，如现金缴费或线上支付，则需要个人手动完成缴费操作。
总结：灵活就业医保是否自动扣费取决于个人选择的缴费方式。如果选择银行代扣等自动化缴费方式，医保费用将在费用到账后自动完成扣费；如果选择其他需要手动操作的缴费方式，则需要个人手动完成缴费。建议灵活就业人员根据自身情况选择合适的缴费方式，并确保按时足额缴纳医保费用，以保障个人医保权益。
