海南三沙社保基数为6900元时，个人所得税和社保费用的扣缴情况如下：

1. 1.个人所得税计算：起征点：根据中国现行税法，个人所得税的起征点为5000元。应纳税所得额：6900元（社保基数）-5000元（起征点）=1900元。税率和速算扣除数：根据个人所得税税率表，1900元属于第一级税率区间，税率为3%，速算扣除数为0。应缴个人所得税：1900元×3%=57元。
2. 2.社保费用扣缴：养老保险：个人缴纳比例为8%，即6900元×8%=552元。医疗保险：个人缴纳比例为2%，即6900元×2%=138元。失业保险：个人缴纳比例为0.5%，即6900元×0.5%=34.5元。住房公积金：假设缴纳比例为12%，即6900元×12%=828元。工伤保险和生育保险：通常由单位缴纳，个人无需承担。
3. 3.总扣款金额：个人所得税：57元。社保费用：养老保险552元+医疗保险138元+失业保险34.5元+住房公积金828元=1552.5元。总扣款：57元（个税）+1552.5元（社保）=1609.5元。
4. 4.实际到手工资：应发工资：6900元。总扣款：1609.5元。实际到手工资：6900元-1609.5元=5290.5元。

在海南三沙社保基数为6900元的情况下，个人需要缴纳的税费和社保费用总计为1609.5元，实际到手工资为5290.5元。需要注意的是，住房公积金部分虽然被扣缴，但仍然属于个人财产，并且可以在购房、租房等情况下提取使用。具体的社保缴纳比例和基数可能会根据当地政策和个人情况有所不同，建议咨询当地社保部门以获取准确信息。