广西南宁社保基数16900元时，个人所得税的扣除金额会因社保缴纳方式不同而有所差异。以下是详细的扣税情况：

社保缴费基数和比例

• 养老保险：个人缴费比例为8%。
• 医疗保险：个人缴费比例为2%。
• 失业保险：个人缴费比例为0.5%。
• 生育保险：由公司全额承担。
• 工伤保险：根据单位所属行业和风险等级确定缴费金额（由公司全额承担）。

个人所得税计算步骤

1. 计算应纳税所得额： 应纳税所得额 = 税前工资 - 社保公积金 - 个税起征点（5000元）。

   • 假设月薪16900元：
     • 扣除社保公积金后收入：16900 - 3802.5 = 13097.5元
     • 应纳税所得额：13097.5 - 5000 = 8097.5元

2. 根据税率表计算应缴个税：

   • 8097.5元适用10%税率，速算扣除数210元
   • 应缴个税：8097.5×10% - 210 = 599.75元

3. 计算税后收入： 税后收入：13097.5 - 599.75 ≈ 12497.75元。

请注意，具体的扣税金额可能会因个人实际情况（如专项附加扣除等）有所不同。建议通过“个人所得税APP”实时测算具体税额，或咨询单位财务部门核实缴费比例。