广西南宁社保基数16900元和5000元的主要区别体现在以下方面：

缴费基数上下限

• 16900元基数：这个基数可能接近或略高于南宁市职工基本医疗保险（含生育保险）缴费基数的上限。根据2025年的数据，南宁市职工基本医疗保险（含生育保险）缴费基数上限为20268元/月。
• 5000元基数：这个基数位于南宁市职工基本医疗保险（含生育保险）缴费基数下限（4053.6元/月）和上限（20268元/月）之间。

缴费金额

• 16900元基数：如果个人工资为16900元，且该工资超过了缴费基数上限，那么个人和单位的缴费基数将按照上限20268元来计算。以养老保险为例，个人缴费比例为8%，单位缴费比例为20%。
• 5000元基数：如果个人工资为5000元，且该工资在缴费基数下限和上限之间，那么个人和单位的缴费基数将按照实际工资5000元来计算。以南宁市月平均工资为5000元为例，养老保险个人缴费比例为8%，单位缴费比例为20%。

参保类型影响

• 灵活就业人员：灵活就业人员在参加城镇企业职工基本医疗保险时，必须按照全区统一的基数缴纳，即4053.6元/月。而参加城镇企业职工基本养老保险的灵活就业人员，则可以根据自己的经济状况，在规定的缴费基数上下限范围内自由选择。

总的来说，社保基数是计算社保缴费金额的基础，它直接影响到个人和单位的缴费金额。在选择社保基数时，个人需要根据自己的工资收入情况和当地的政策规定来决定，以确保社保权益的保障。