广东珠海社保缴费基数5500元和5000元的主要区别体现在以下方面：

一、缴费档次差异

1. 5500元属于第三档

   在珠海市，社保缴费基数5500元对应的是第三档，属于正常缴费档次。

2. 5000元属于第二档

   若按全省统一标准，5000元通常对应第二档（80%缴费比例），但需注意不同城市存在差异。例如：

   • 广州市、省直单位下限为5500元（第三档）；

   • 其他地区（如珠海市）下限为4767元（第二档）。

二、缴费比例区别

• 第三档（5500元） ：养老保险个人缴费比例为8%，单位缴费比例为16%；

• 第二档（5000元） ：养老保险个人缴费比例为7%，单位缴费比例为14%。

三、实际应用影响

1. 养老金计发基础

   养老金计发基数通常与退休时当地平均工资挂钩，但缴费基数本身不直接决定养老金金额，而是影响计发系数。

2. 缴费金额差异

   以珠海为例：

   • 按5500元缴费时，个人月缴养老保险约440元（8%比例）；

   • 按5000元缴费时，个人月缴养老保险约350元（7%比例）。

四、地区政策差异

需注意，不同城市对社保基数的划分可能不同。例如：

• 广州市、省直单位下限为5500元，第三档；

• 珠海市下限为4767元，第二档。

建议参保人员根据所在城市的具体政策确认缴费基数对应的档次及比例，可通过当地社保部门官网或咨询单位人事部门获取最新信息。