根据2024年最新个人所得税计算方法，山东烟台社保基数为6400元时，扣除社保后的应纳税额如下：

一、应纳税所得额计算

应纳税所得额 = 工资收入 - 起征点

应纳税所得额 = 6400元 - 5000元 = 1400元

二、适用税率与速算扣除数

根据2024年税率表，1400元属于 3%税率区间 ，速算扣除数为 0元 。

三、应纳个人所得税计算

应纳个人所得税 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

应纳个人所得税 = 1400元 × 3% - 0元 = 42元

四、实际到手金额

实际到手金额 = 工资收入 - 个税

实际到手金额 = 6400元 - 42元 = 6358元

补充说明：

1. 社保扣除 ：若社保缴费基数为6400元，需扣除五险一金（具体比例因险种不同有所差异）。例如，养老保险和医疗保险个人缴纳比例约为8%，住房公积金个人缴纳比例通常为5%-12%。假设社保总扣除为1000元，则税后到手金额为： $$6400元 - 42元（个税） - 1000元（社保） = 5358元$$

   需根据实际社保比例调整计算。

2. 其他注意事项 ：

   • 若存在专项附加扣除（如子女教育、住房贷款等），可进一步减少应纳税所得额；

   • 若月收入未达到6400元起征点，则无需缴纳个税。

建议结合个人实际情况，通过官方渠道或税务APP查询精确扣税金额。