福建厦门社保基数12200元和5000元的主要区别体现在社保缴费金额上，具体分析如下：
一、缴费金额差异
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社保缴费基数为12200元
若单位以12200元为缴费基数，社保缴费金额计算如下：
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养老保险 ：单位缴纳比例通常为16%-20%，个人缴纳8%；
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医疗保险 ：单位缴纳8%-12%，个人缴纳2%；
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其他社保项目 （如失业保险、工伤保险、生育保险）按比例缴纳。
例如，单位按20%比例缴纳时，每月缴费金额为：
$$12200 \times 20% = 2440 \text{元}$$个人缴费金额为：
$$12200 \times 8% = 976 \text{元}$$合计约3416元。
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社保缴费基数为5000元
若单位以5000元为缴费基数，社保缴费金额计算如下：
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养老保险 ：单位缴纳16%-20%，个人缴纳8%；
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医疗保险 ：单位缴纳8%-12%，个人缴纳2%；
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其他社保项目 按比例缴纳。
例如，单位按20%比例缴纳时，每月缴费金额为：
$$5000 \times 20% = 1000 \text{元}$$个人缴费金额为：
$$5000 \times 8% = 400 \text{元}$$合计约1400元。
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二、其他差异说明
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实际到手工资差异
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基数12200元的员工，扣除社保后实际月收入约为：
$$12200 - (12200 \times 28%) = 8696 \text{元}$$ -
基数5000元的员工，扣除社保后实际月收入约为：
$$5000 - (5000 \times 28%) = 3400 \text{元}$$
差异约为53.5%，主要源于缴费基数不同导致的单位缴费金额差异。
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调整机制
社保缴费基数每年4月调整一次，以职工上年度月平均工资为基准，上下限设为当地社会平均工资的60%-300%。若个人工资高于或低于基数，需以基数为缴费标准。
三、建议
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若员工工资为12200元，建议与单位协商调整缴费基数至12200元，以减少个人缴费压力；
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若工资低于5000元，需关注工资调整机制，避免因基数下限限制影响权益。
以上信息综合了2018年数据及现行政策，具体比例可能因政策调整略有变化，建议以厦门市最新官方文件为准。
