根据我国现行法律规定和社保政策，公司缴纳的社保与农村医保（新农合）存在以下冲突点：

一、参保资格与覆盖范围冲突

1. 户籍限制

   公司社保（职工医保）主要覆盖城镇职工，需满足非农业户籍或灵活就业人员身份；

   农村医保（新农合）仅限农业户籍人群，两者户籍属性互斥。

2. 缴费主体差异

   公司社保由用人单位和职工共同缴纳，属于强制参保项目；

   农村医保则由个人、集体和政府共同筹资，属于自愿参保项目。

二、待遇享受冲突

1. 医疗费用报销冲突

   两者均属于医疗保险范畴，但根据《社会保险法》规定， 同一参保人不得同时享受职工医保和新农合的医疗费用报销 。若已参加职工医保，则需停缴新农合；反之亦然。

2. 报销比例差异

   职工医保报销比例通常为70%-85%，新农合为50%-70%，两者报销标准不同。

三、其他相关说明

• 缴费年限影响 ：若职工长期参加职工医保，中断新农合后重新参保，可能影响待遇衔接。

• 政策依据 ：《社会保险法》明确规定，基本养老保险和基本医疗保险不得同时享受。

四、解决建议

1. 选择职工医保 ：若已就业，建议优先参加公司缴纳的职工医保，以获得更全面的医疗保障。

2. 保留新农合 ：若仍为农村户籍且经济条件有限，可保留新农合，但需停止职工医保缴费。

3. 咨询确认 ：具体操作前建议咨询当地社保部门，了解最新政策细则。

公司社保与农村医保在参保资格和待遇享受上存在本质冲突，需根据户籍和就业状态选择其中一种参保方式。