根据您描述的情况，以下是具体处理建议：

一、合疗与职工医保的参保规则

1. 身份唯一性限制

   根据我国社保政策， 一人只能同时拥有城镇职工医保和新型农村合作医疗保险（合疗）两种医保身份 ，但 不能同时享受两种医保待遇 。若单位已为您缴纳职工医保，则无法再参加合疗，反之亦然。

2. 缴费年限与待遇衔接

   • 若已参加职工医保，需 停缴合疗 （即停止缴纳新农合费用），待职工医保缴费年限满15年后，可申请转为退休人员医保待遇。

   • 若新农合缴费时间较短，可咨询当地医保部门是否支持 补缴差额 以转换医保类型，但需符合当地政策规定。

二、处理步骤与建议

1. 确认参保状态

   • 通过当地医保部门或单位人力资源部门，确认是否因重复参保导致职工医保无法缴纳。

2. 与单位协商

   • 主动与单位沟通，说明政策限制，要求其停止缴纳合疗并依法缴纳职工医保。

3. 咨询医保部门

   • 若单位拒绝配合，可联系当地医保中心，了解 补缴差额或转换医保类型的具体流程 。

4. 维权途径

   • 若协商无果，可通过以下方式维权：

     • 劳动仲裁或诉讼 ：要求单位补缴社保，依据《社会保险法》规定，单位不缴社保属于违法行为；

     • 社保举报 ：向当地劳动监察部门或社保行政部门投诉，提供劳动关系证明等材料。

三、注意事项

• 待遇影响 ：停缴合疗期间，原有医疗费用需自费；职工医保缴费后，可享受城镇职工医保待遇。

• 时间节点 ：需关注医保缴费年度结束时间，避免因缴费中断影响待遇享受。

• 政策差异 ：不同地区对医保转换政策存在差异，建议优先咨询当地医保部门获取最新政策。

通过以上步骤，您应能妥善解决合疗与职工医保的参保冲突。若需进一步法律援助，可联系专业律师咨询。