医保缴纳两次是否自动退费，需根据具体情况判断，具体规则如下：

一、系统自动退费的情况

1. 重复缴费且符合政策规定

   若因系统错误或政策允许的重复缴费（如城乡居民医保与职工医保重复），部分地区医保系统会自动检测并退费。

2. 城乡居民医保重复缴费（未进入待遇享受期）

   若在2025年1月1日前缴纳的城乡居民医保重复，且尚未进入待遇享受期，可申请退还重复缴费部分。

二、需手动申请退费的情况

1. 手动缴纳导致的重复缴费

   若因个人或单位手动重复缴费（如学校和家庭分别缴费），需联系社保机构提供缴费凭证申请退费。

2. 职工医保与居民医保重复

   若职工医保与城乡居民医保重复缴费，需先终止居民医保关系，再申请退费。

3. 跨地区重复缴费

   不同城市医保重复通常不予退还，但社保转移时会累计缴费年限。

三、注意事项

• 缴费渠道影响退费路径 ：退费会原路返回缴费渠道（如银行、第三方平台），而非自动抵扣。

• 政策差异 ：具体退费流程可能因地区政策不同存在差异，建议通过当地社保部门或官方APP咨询。

• 避免重复缴费 ：建议定期检查缴费记录，发现重复后及时联系缴费单位或社保机构处理。

医保重复缴费不一定会自动退费，需根据缴费类型、时间及地区政策判断，并通过正规渠道申请处理。