根据现有信息，辽宁锦州社保缴费基数5500元和5000元在政策规定和实际操作中并无本质区别。以下是具体分析：

一、缴费档次定位

1. 统一档次定位

   社保缴费基数5500元在锦州属于 第三档 （即缴费比例为100%的档次）。根据政策规定，社保缴费基数上限为当地上年度职工平均工资的300%，而5500元通常对应这一上限值。

2. 地区政策统一性

   社保缴费档次划分由省级政府统一制定，不同城市（如锦州）在同一省份内执行相同标准。锦州不存在5500元对应其他档次的情况。

二、缴费金额与待遇差异

1. 缴费金额计算

   • 若以5500元为缴费基数，单位和个人实际缴费金额均为5500元（假设缴费比例为100%）。

   • 若按300%缴费比例计算，实际缴费基数为5500×3=16500元，单位和个人各承担8250元。

2. 待遇影响

   • 基础养老金 ：按社平工资与缴费指数工资的平均值计算，缴费基数越高，计算基数越大，基础养老金越高。

   • 个人账户养老金 ：与缴费基数直接相关，缴费基数越高，个人账户积累越多，退休后每月领取的金额越高。

   • 总养老金 ：基础养老金+个人账户养老金，综合来看，5500元缴费基数比5000元更高，但两者差距取决于当地社平工资和缴费年限。

三、其他注意事项

• 地区政策差异 ：虽然锦州目前无特殊划分，但其他地区可能存在多档位设计（如6档），需以当地最新政策为准。

• 调整机制 ：社保缴费基数每年动态调整，通常与当地经济水平和职工平均工资挂钩。

锦州社保基数5500元与5000元在档次定位上无差异，实际缴费金额和待遇均相同。若需进一步确认，建议咨询当地社保部门。