根据保险合同条款，保险等待期后查出重大疾病是否赔付，需分情况讨论：

一、等待期后确诊重大疾病

1. 符合合同约定

   若在等待期后通过保险公司认可的医疗机构，由专科医生确诊合同约定的重大疾病（如癌症、心脑血管疾病等），保险公司需按合同约定给付保险金。

2. 轻症/中症的特殊处理

   • 若合同包含轻症/中症保障，可能退还保费或现金价值，或保障失效但重疾保障继续有效；

   • 已确诊的轻/中症疾病将除外保障范围，其他保障仍可生效。

二、注意事项

1. 健康告知义务

   需确保投保时履行了如实告知义务，若存在未告知的重大疾病，可能影响理赔。

2. 重疾定义与条款

   仅当疾病符合合同约定的定义及赔付标准时，保险公司才会赔付。

3. 医疗费用报销

   重大疾病赔付通常包括基本保额，若涉及门诊、住院等费用，需符合合同约定（如免赔额、报销比例等）。

三、补充说明

• 等待期时长 ：常见为30天至90天，具体以合同条款为准；

• 意外情况 ：若等待期内因意外导致疾病，部分产品可获赔付，但需符合合同约定。

建议投保时仔细阅读合同条款，尤其是健康告知和疾病定义部分，避免因疏漏影响理赔。若已处于等待期内且确诊疾病，建议及时联系保险公司沟通处理流程。