根据我国现行法律规定和社保政策，农民工即使已经参加了新农合，仍然需要由用人单位依法缴纳社保。以下是具体说明：

一、社保与农合的参保规则

1. 社保是强制性的，农合是自愿的

   社保（包括养老、医疗、失业、工伤和生育保险）是用人单位的法定义务，需依法缴纳；新农合是农业人口自愿参加的医疗保险，两者不可同时享受。

2. 参保资格互斥性

   根据《社会保险法》，职工若已参加职工医保，则不能再参加新农合；反之亦然。但两者在医疗费用报销上存在互补性，建议优先选择职工医保以获得更全面的保障。

二、不缴纳社保的法律后果

1. 单位法律责任

   若用人单位未依法缴纳社保，将面临以下处罚：

   • 被责令限期缴纳或补足，逾期不缴的按日加收0.5‰滞纳金；

   • 处欠缴金额1倍以上3倍以下的罚款。

2. 个人权益受损

   • 无法享受职工社保的退休金、医疗费用报销等权益，仅能获得新农合的医疗保障；

   • 若因工伤、失业等情形维权，可能因未参保而处于不利地位。

三、特殊情形处理建议

1. 灵活就业人员选择

   若因经济原因无法同时参保，可优先选择职工医保，放弃新农合；若已参加职工医保，则无需再参保。

2. 政策咨询与维权

   建议通过当地社保部门或劳动仲裁机构核实政策，避免因信息差异导致误判。若单位拒绝参保，可依法维权。

农民工缴纳新农合后仍需依法参加职工社保，两者不可同时享受。建议根据自身实际情况选择最合适的医疗保障方式，并通过法律途径维护自身权益。