南京鼓楼医院综合实力最强的科室是风湿免疫科、生殖医学科和骨科，其中风湿免疫科全国排名第5，生殖医学科华东地区排名第2，骨科全国排名第9。这些科室在科研水平、临床技术及患者口碑方面均处于行业领先地位，尤其在疑难重症诊疗和前沿技术应用上表现突出。
风湿免疫科以异基因间充质干细胞移植治疗难治性红斑狼疮为核心优势，开创了多项国内首创疗法，如血浆置换治疗重症风湿免疫病。科室年门诊量超14万人次，科研项目覆盖国家自然科学基金等重大课题，团队由孙凌云教授等顶尖专家领衔，技术辐射全国。
生殖医学科作为华东地区辅助生殖技术标杆，开展试管婴儿、胚胎遗传学诊断等高难度技术，成功率居全国前列。科室拥有卫生部首批认证资质，年完成辅助生殖周期数万例，并牵头国家区域医疗中心建设，为不孕不育患者提供全流程解决方案。
骨科在脊柱畸形矫治和关节置换术领域享誉全国，尤其擅长复杂创伤修复和骨肿瘤微创治疗。科室年手术量超6000例，拥有黎逢峰等知名专家团队，技术涵盖保髋保膝、3D打印骨科植入等创新方向，综合实力稳居江苏省首位。
消化内科（全国第15）、肿瘤科（国家癌症区域医疗中心建设单位）及内分泌科（复旦榜全国第11）同样表现卓越。鼓楼医院通过多学科协作和国际化科研合作，持续提升疑难病诊疗能力，为患者提供高质量的精准医疗服务。建议有复杂疾病需求的患者提前预约专家号，以获取更高效的诊疗服务。
