关于跨省住院农村合作医疗（新农合）的报销比例，综合各地政策及搜索结果，主要分为以下几类：

一、报销比例标准

1. 乡镇卫生院

   • 报销比例：60%

   • 起付线：100元（部分地区为0元）

2. 县级定点医院

   • 报销比例：40%

   • 起付线：200元

3. 二级医院

   • 报销比例：30%

   • 起付线：300元

4. 三级医院

   • 报销比例：20%

   • 起付线：500元

二、特殊说明

• 大病医疗报销 ：若住院费用超过5000元，分段补偿，例如10001-18000元补偿70%，18001-30000元补偿75%等。

• 门诊统筹 ：部分地区（如村级）门诊报销比例可达75%，乡级65%。

• 省外就医 ：非定点医院报销比例可能更低，例如45%。

三、报销流程

1. 备案与转诊 ：需提前备案并取得转诊证明。

2. 垫付与结算 ：在异地定点医院垫付费用，出院时凭发票、转诊证明等材料回参保地报销。

3. 多退少补 ：报销金额与自费部分差额结算。

四、注意事项

• 具体比例可能因地区政策差异较大，建议参保前咨询当地医保部门。

• 若在异地长期居住，可办理异地转移接续手续。

以上信息综合了全国大部分地区的政策，实际报销比例请以参保地最新规定为准。