关于农村合作医疗在市里住院的报销流程和注意事项，综合权威信息整理如下：

一、报销方式

1. 直接刷卡报销

   若在市内定点医疗机构就诊，患者可持医保卡直接刷卡结算。部分医院支持出院即报，无需额外申请。

2. 窗口报销

   • 市外二级及以上医院 ：出院后3个月内需携带医疗费用原始发票、费用明细清单、出院小结、门诊病历、身份证、户口簿等材料，到区行政服务中心新农合窗口办理。

   • 市内其他等级医院 ：部分医院支持直接刷卡，具体以医院规定为准。

二、报销材料

• 必备文件 ：住院发票、费用明细清单、出院小结、门诊病历、身份证、户口簿。

• 特殊情况补充 ：

  • 异地就医需提供转诊证明；

  • 门诊特殊病需额外提交《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》。

三、报销流程

1. 出院结算 ：在定点医疗机构直接刷卡或窗口提交材料结算。

2. 材料审核 ：

   • 乡镇级机构初审材料并填写补偿表；

   • 县级机构复核审核。

3. 费用兑付 ：审核通过后，报销金额将打入指定银行账户。

四、注意事项

1. 缴费年限影响 ：缴费中断后需连续缴费满1年才能恢复报销。

2. 异地就医 ：需提前向参保地医保申请备案，未备案可能无法报销。

3. 直接结算范围 ：仅限医保目录内的药品、诊疗项目及急诊费用。

4. 意外伤害 ：需通过指定保险公司窗口审核后方可报销。

五、法律依据

报销依据为《中华人民共和国社会保险法》第二十九条，明确基本医疗保险基金支付范围由经办机构与医疗机构直接结算。

建议办理前咨询当地医保部门或医院，具体流程可能因地区政策存在差异。