只扣了社保没有医保的原因主要有以下几点：缴费基数差异、社保与医保缴费比例不同、参保状态异常以及政策变动影响。 缴费基数的不同可能导致只扣除了社保费用而没有扣除医保费用。社保和医保的缴费基数可能不同，通常社保的缴费基数会高于医保，因此在某些情况下，扣除的社保费用可能会占用了大部分的缴费额度，导致医保费用未能扣除。

社保与医保的缴费比例不同。社保通常包括养老保险、失业保险、工伤保险、生育保险和医疗保险，各项保险的缴费比例不同。一般来说，养老保险和医疗保险的缴费比例较高，而其他保险的缴费比例相对较低。如果当月的缴费基数较低，可能会出现只扣除社保费用而没有扣除医保费用的情况。

第三，参保状态异常也可能导致只扣除了社保而没有扣除医保。例如，如果员工的医保参保状态出现问题，如信息不全、账户冻结等，都会导致医保费用无法正常扣除。此时，员工需要及时与人力资源部门或社保机构联系，更新或修正参保信息。

政策变动也是一个重要因素。社保和医保的政策可能会根据国家和地方政府的规定进行调整。例如，某些地区可能会在特定时间段内调整医保缴费比例或实施新的医保政策，这可能会影响到当月的缴费情况。如果员工不了解这些政策变动，可能会误以为只扣除了社保而没有扣除医保。

缴费周期和结算时间的不同也会导致这种情况发生。社保和医保的缴费周期可能不完全一致，例如社保按月缴纳，而医保可能按季度或半年缴纳。这种时间上的差异会导致在某些月份只扣除社保费用，而医保费用在后续月份扣除。

只扣除了社保而没有扣除医保的原因可能涉及缴费基数、缴费比例、参保状态、政策变动以及缴费周期等多个方面。如果遇到这种情况，建议及时与人力资源部门或社保机构联系，确认具体原因并采取相应措施，以确保社保和医保的正常缴纳。