医保配药时选择医院或药店的核心区别在于：报销政策、药品质量、价格成本和服务流程。医院通常报销比例更高且药品质量有保障，但流程繁琐；药店购药便捷但报销受限，且需警惕利润导向的推销行为。

1. 报销政策差异
   医院对住院用药和医保目录内处方药提供分级报销（如三级医院最高报销40%-50%），而药店购药一般仅支持医保卡个人账户支付，无法享受统筹报销。部分社区卫生服务中心报销比例更高，适合慢性病配药。

2. 药品质量与来源
   医院药品通过国家集中招标采购，以大厂品牌为主，质量监管严格；药店药品来源多样，可能存在小厂家或高利润产品，需自行甄别品牌。同厂家同款药物疗效无差异，但医院更倾向开具国药准字号药品。

3. 价格与成本因素
   医院因运营成本高（如设备、人力），部分药品自费价可能高于药店，但医保报销后实际负担更低；药店通过灵活采购和促销活动降低价格，但需注意隐性消费。

4. 服务流程与专业性
   医院需挂号、问诊后由医生开处方，针对性更强但耗时；药店即买即走，但缺乏专业诊断，易受推销干扰，尤其需警惕中成药等高利润品类。

总结：急症或复杂病情建议优先选择医院，确保用药安全与报销优惠；日常用药可权衡价格与便利性选择药店，但需认准正规品牌并保留购药凭证。