国家行政机关
医保局的单位性质是 国家行政机关 ，隶属于当地人力资源和社会保障局。作为国家行政机关的一部分，医保局的主要职责包括负责医疗保险基金的预算、决算编制及管理、支付、稽核工作，以及医疗保险个人账户管理及资金的结算、支付工作等。医保局还负责社会保险医疗费用的复审、结算及就医管理工作，以及公费医疗管理和公务员基本（补助）医疗费用的复审、结算及就医管理工作。
在组织架构上，医保局在2018年之前是人力资源和社会保障局的一个下属事业单位。2018年3月，根据国务院机构改革方案，组建了国家医疗保障局，作为国务院直属机构，负责全国医疗保障工作。国家医疗保障局为副部级单位，对外保留国家医疗保障局牌子，主要职责包括拟订医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障制度的政策、规划、标准并组织实施，监督管理相关医疗保障基金，完善国家异地就医管理和费用结算平台，组织制定和调整药品、医疗服务价格和收费标准，制定药品和医用耗材的招标采购政策并监督实施，以及监督管理纳入医保支出范围内的医疗服务行为和医疗费用等。
医保局作为国家行政机关，承担着重要的医疗保障职责，隶属于当地人力资源和社会保障局，并在国家医疗保障局的指导下开展工作。
