关于农村合作医疗与医保重复缴费的处理，需根据具体情况选择合适方式，并遵循当地政策。以下是综合处理方法：

一、重复缴费的认定与核实

1. 确认重复缴费

   通过医保账户查询、咨询当地社保部门或医保经办机构，核实是否存在重复缴费记录。

2. 核对缴费时间与待遇享受期

   确认重复缴费是否在医保待遇享受期内，避免因时间重叠影响退费。

二、处理方式与操作步骤

1. 申请退费

   • 材料准备 ：身份证、新农合缴费凭证、重复缴费证明等。

   • 提交渠道 ：前往当地社保中心或医保经办机构窗口提交材料，或通过官网/公众号在线申请（如阜阳市通过“阜阳医疗保障”公众号办理）。

   • 审核流程 ：社保机构审核通过后，退费将原路返回至缴费账户。

2. 保留一份并终止另一份

   • 适用场景 ：同时参加城乡居民医保和职工医保，或新农合与其他社保重复。

   • 操作流程 ：向社保机构提交书面申请，说明终止原因（如已参加职工医保），并提供证明材料。

   • 注意事项 ：部分地区可退还已缴保费，具体以当地政策为准。

三、特殊情况处理

1. 系统或操作错误

   若因系统故障或操作失误导致重复缴费，可联系当地社保部门申请退费。

2. 跨地区重复缴费

   非本人原因错缴异地医保时，由原缴费地医保部门负责退费，需提供异地参保证明。

3. 待遇享受期影响

   若在医保待遇享受期内重复缴费，需待待遇终止后申请退费。

四、注意事项

• 时效性 ：退费申请需在政策规定的时间内提交，逾期可能无法处理。

• 多地参保处理 ：若同时参加多地医保，建议优先保留待遇保障更全面的险种。

• 政策差异 ：不同地区具体退费流程可能不同，建议提前咨询当地社保部门。

若处理过程中遇到阻碍，可拨打12366纳税服务热线咨询。