南通医保在上海的使用需根据参保类型和就医地政策进行区分，具体如下：

一、异地就医备案要求

1. 备案方式

   • 线上备案 ：通过国家医保服务平台APP或江苏医保云APP办理异地就医备案，填写居住证明等材料即可。

   • 线下备案 ：携带身份证、社保卡至南通医保事务中心或街道医保服务点办理备案手续。

2. 备案材料

   • 基础材料：身份证、社保卡、医疗费用原始收据、相关病史资料及复印件。

   • 特殊情况：长期异地居住人员需提供居住证明，转诊需经医院同意办理转诊手续。

二、医疗费用报销流程

1. 直接刷卡结算

   • 在上海已开通异地就医服务的定点医疗机构（近350家）门诊就医时，持备案后的社保卡可直接刷卡支付门诊费用。

   • 住院费用需先自费垫付，回南通后携带所有材料申请报销。

2. 报销时效

   • 异地医疗费用需在收据开具之日起6个月内申请报销。

三、注意事项

1. 医保目录限制

   • 仅限医保目录内的药品、诊疗项目及住院费用可报销，门诊慢性病种需办理特殊病种认定。

2. 现金垫付要求

   • 非定点医院就医需先自费，转诊至定点医院后才能使用医保卡结算。

3. 年度备案更新

   • 长期异地居住人员需每年更新居住证明，转诊备案需通过医院或医保中心办理。

四、特殊情况处理

• 急诊就医 ：非定点医院急诊需先垫付费用，回南通后申请报销。

• 转诊就医 ：需经上海医院同意办理转诊手续，转诊后医保可接续使用。

五、政策依据

目前南通与上海已实现异地就医直接结算，但需提前完成备案。若未备案或材料不齐全，可能影响报销。建议通过官方渠道办理备案，确保流程合规。

以上信息综合了2019-2025年医保政策，医保全国统筹尚未实现，跨省使用仍需备案。建议办理前通过南通医保官方渠道确认最新流程及材料要求。