医保缴费500元却显示账户余额仅100元，主要原因是医保费用分为个人账户和统筹基金两部分，个人缴纳的金额仅部分划入个人账户，其余进入统筹基金用于公共医疗支出。以下是具体原因分析：

1. 医保费用分配机制
   医保缴费并非全部归属个人账户。根据政策，个人缴纳的保费按比例划入个人账户（如年轻参保人约30%-40%），剩余部分纳入统筹基金，用于报销住院、大病等公共医疗费用。例如缴费500元可能仅150元左右进入个人账户，其余350元进入统筹池。

2. 账户查询方式差异
   社保卡包含金融账户和医保账户，若通过ATM查询可能误查金融账户余额（未激活时显示为0或初始金额），实际医保余额需通过医保局官网、APP或线下窗口查询。部分地区的医保划账存在延迟，缴费后需等待1-2个工作日同步数据。

3. 政策调整与累积影响
   医保个人账户余额会因门诊消费、购药等支出减少，若长期未使用也可能因账户计息规则或地区政策调整（如缴费比例变化）导致余额变动。部分地区对灵活就业人员或城乡居民医保的划拨比例较低，需结合参保类型具体分析。

若发现余额差异较大，建议核对缴费明细与消费记录，或咨询当地医保部门确认划账规则。医保制度的设计本质是“互助共济”，统筹基金保障全体参保人的大病风险，个人账户则用于日常医疗支出，两者结合实现更可持续的医疗保障。